Кафедра садоводства, защиты растений и экологии была организована в 2016 году в результате объединения кафедры защиты растений и экологии с кафедрой плодоовощеводства и виноградарства. Осенью этого же года заведующей кафедрой садоводства, защиты растений и экологии была избрана кандидат биологический наук, доцент О.В. Антюхова.
Кафедра плодоовощеводства и виноградарства была выпускающей для специальности «Плодоовощеводство и виноградарство». В 1996 году кафедру возглавил доктор сельскохозяйственных наук, профессор Валерий Федорович Хлебников, который ранее был заведующим кафедрой растениеводства.
В 1999-2000 годах и с 2010 по 2016 год заведующим кафедрой был кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Ефимий Михайлович Коваль, с 2000 по 2010 годы – кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Наталья Новомировна Трескина.
На кафедре работали высококвалифицированные преподаватели: профессор Валерий Федорович Хлебников, доценты Ефимий Михайлович Коваль, Наталья Новомировна Трескина, Елена Федоровна Гинда, Майя Михайловна Калистру, Михаил Иванович Янковой. Специалистом кафедры была Людмила Георгиевна Нагапетьян. К работе со студентами привлекались преподаватели-совместители: к.с.-х. н. Н.Ф. Святский, В.С. Храполович, И.В. Лепко.По материалам научных исследований преподавателями кафедры было опубликовано более 100 научных статей, из которых 10 в журналах, рекомендованных ВАК Российской федерации и Молдовы.
Большое внимание преподаватели кафедры уделяют и практической подготовке студентов. Учебная и производственная практики проводятся в Приднестровском НИИ сельского хозяйства, Республиканском ботаническом саду и ведущих агрофирмах республики.